Bueno a lo que importa, dado el tamaño de la colección empecé a tener problemas con la memoria teniendo constantemente excepciones del java heap que me tenían ya mosqueado porque yo iba volcando todo a disco. Ya lo solucioné, pero en el camino descubrí la herramienta profiler.
Es simplemente IMPRESIONANTE, puedes ver cada cosa que objeto que se va alojando en la memoria, como van saliendo por el recolector de basura,
¡QUIERO UN PROFILER PARA PYTHON!
Un saludo